การได้รับยาปฏิชีวนะตั้งแต่เนิ่นๆ จะฆ่าแบคทีเรียที่มีสุขภาพดีในทางเดินอาหาร และอาจทำให้เกิดโรคหอบหืดและอาการแพ้ได้ หลักฐานที่ชัดเจนที่สุดว่าความสัมพันธ์ที่สังเกตกันมานานระหว่างการได้รับยาปฏิชีวนะในวัยเด็กกับการพัฒนาของโรคหอบหืดและภูมิแพ้เป็นสาเหตุ หลีกเลี่ยงการใช้ยาปฏิชีวนะในเด็กเล็กทุกครั้งที่ทำได้ เพราะอาจเพิ่มความเสี่ยงของปัญหาที่สำคัญในระยะยาว
ยาปฏิชีวนะในบรรดายาที่ใช้บ่อยที่สุดในเด็ก ส่งผลต่อชุมชน microbiome ในลำไส้และการทำงานของเมตาบอลิซึม การเปลี่ยนแปลงเหล่านี้ในโครงสร้างของจุลินทรีย์สามารถส่งผลกระทบต่อโฮสต์ ภูมิคุ้มกัน ในส่วนแรกของการทดลอง หนูอายุ 5 วันได้รับน้ำ อะซิโทรมัยซิน หรืออะม็อกซีซิลลิน หลังจากที่หนูโตเต็มที่ นักวิจัยได้สัมผัสกับสารก่อภูมิแพ้ทั่วไปที่ได้จากไรฝุ่นในบ้าน หนูที่ได้รับยาปฏิชีวนะอย่างใดอย่างหนึ่ง โดยเฉพาะอย่างยิ่ง azithromycin มีอัตราการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันที่สูงขึ้น เช่น อาการแพ้ ส่วนที่สองและสามของการทดลองทดสอบสมมติฐานที่ว่าการได้รับยาปฏิชีวนะตั้งแต่เนิ่นๆ (แต่ไม่ใช่การสัมผัสในภายหลัง) ทำให้เกิดอาการแพ้และโรคหอบหืดโดยการฆ่าเชื้อแบคทีเรียในลำไส้ที่มีสุขภาพดีบางตัวที่สนับสนุนการพัฒนาระบบภูมิคุ้มกันที่เหมาะสม